二仁溪：南区、高雄市茄萣区

        社口溪

区

        南港溪

        前溪

        急水溪：北门区

        八掌溪：嘉义县布袋镇、台南市北门区

        前镇河：前镇区

        浊水溪：彰化县大城乡、云林县麦寮乡

        八掌溪：布袋镇、台南市北门区

        塔瓦溪：牡丹乡、台东县达仁乡

        七里溪：枋山乡

        北港溪：云林县口湖乡、嘉义县东石乡

        高屏溪：高雄市林园区、屏东县新园乡

        溪仔口溪：满州乡

        乾溪：牡丹乡

        达仁溪：达仁乡

        太麻里溪：太麻里乡

        塔瓦溪：屏东县牡丹乡、台东县达仁乡

        白水溪

        后堀溪

        牛挑湾溪：口湖乡

        利嘉溪：台东市

        曾文溪：七区、安南区

        竹坑溪：枋山乡、车城乡

        二仁溪：台南市南区、高雄市茄萣区

        北港溪：口湖乡、嘉义县东石乡

        南仁鬱溪：满州乡

        卡社溪

        三叠溪

        津林溪（加津林溪）：大武乡

        后港溪：芳苑乡

        大武溪：大武乡

        朝庸溪：大武乡

        浊水溪：大城乡、云林县麦寮乡

        眉溪

        乌溪：龙井区、彰化县伸港乡

        彰化县

        鹿寮溪：满州乡

        文里溪（北太麻里溪）：太麻里乡

        刣牛溪：恆春镇

        陈有兰溪

        狮子溪：枋山乡

        旗山溪

        嘉义县

        龙溪：布袋镇

        宝来溪

        安良港大排（南势溪）：清水区

        九棚溪：满州乡

        十里溪：枋寮乡（地图未标示）

        拉布拉溪：太麻里乡

        大石盘溪（石盘溪）：枋山乡

        加走寮溪

        大溪：牡丹乡

        万大溪

        率芒溪（士文溪）：枋寮乡、枋山乡

        高雄市

        林边溪：林边乡、佳冬乡

        七溪：七区

        郡大溪

        石牛溪：恆春镇

        菜寮溪

        乌万溪（大鸟溪）：大武乡

        枋山溪：枋山乡

        南兴溪：大武乡

        将军溪：北门区、将军区

        汉宝溪：福兴乡、芳苑乡

        丹大溪

        东港溪：新园乡、东港镇

        旧浊水溪：福兴乡

        大湖口溪

        社皆坑溪：车城乡

        典宝溪：梓官区、楠梓区

        隘寮溪

        内寮溪：枋寮乡

        番雅沟：线西乡、鹿港镇

        后劲溪：楠梓区

        埤日溪：满州乡

        新虎尾溪：麦寮乡、台西乡

        鱼寮溪：大城乡

        拉库音溪

        乌溪：台中市龙井区、彰化县伸港乡

        旭海溪：牡丹乡

        太平溪：台东市

        朴子溪：东石乡

        保力溪：车城乡

        猫罗溪

        卑南溪：台东市

        南湖溪

        盐水溪：安南区、安平区

        金崙溪：太麻里乡

        万丈深坑溪：满州乡

        重溪

        屏东县

        枫港溪：枋山乡

        鹿耳门溪：安南区

        清水溪

        港口溪：满州乡

        旧虎尾溪：台西乡、四湖乡

        四重溪：车城乡

        清水大排水沟（米粉寮溪）：清水区

        员林大排：鹿港镇、福兴乡

        云林县

        鹿野溪

        合欢溪

        港子溪：满州乡

        浊口溪

        洋子溪（洋仔厝溪）：鹿港镇

        台南市

        水里溪

        安朔溪：达仁乡、大武乡

        美溪

        无水溪：满州乡

        阿公店溪：永安区、弥陀区

        大竹溪：大武乡、太麻里乡

        爱河：鼓山区、苓雅区

        二林溪：芳苑乡

        志乐溪

        高屏溪：林园区、屏东县新园乡

        台东县

        知本溪：太麻里乡、台东市

        南势湖溪：枋山乡

        荖溪