高屏溪：林园区、屏东县新园乡

        二仁溪：台南市南区、高雄市茄萣区

        加走寮溪

        郡大溪

        朝庸溪：大武乡

        急水溪：北门区

        达仁溪：达仁乡

        溪仔口溪：满州乡

        南势湖溪：枋山乡

        重溪

        台南市

        典宝溪：梓官区、楠梓区

        大溪：牡丹乡

        嘉义县

        彰化县

        石牛溪：恆春镇

        大武溪：大武乡

        太平溪：台东市

        乌万溪（大鸟溪）：大武乡

        十里溪：枋寮乡（地图未标示）

        北港溪：云林县口湖乡、嘉义县东石乡

        知本溪：太麻里乡、台东市

        白水溪

        竹坑溪：枋山乡、车城乡

        枋山溪：枋山乡

        南仁鬱溪：满州乡

        云林县

        社皆坑溪：车城乡

        无水溪：满州乡

        太麻里溪：太麻里乡

        大竹溪：大武乡、太麻里乡

        枫港溪：枋山乡

        屏东县

        港子溪：满州乡

        阿公店溪：永安区、弥陀区

        鹿寮溪：满州乡

        卑南溪：台东市

        八掌溪：嘉义县布袋镇、台南市北门区

        旧浊水溪：福兴乡

        塔瓦溪：屏东县牡丹乡、台东县达仁乡

        猫罗溪

        高雄市

        志乐溪

        津林溪（加津林溪）：大武乡

        鹿野溪

        曾文溪：七区、安南区

        七里溪：枋山乡

        乾溪：牡丹乡

        二仁溪：南区、高雄市茄萣区

        率芒溪（士文溪）：枋寮乡、枋山乡

        文里溪（北太麻里溪）：太麻里乡

        港口溪：满州乡

区

        九棚溪：满州乡

        前溪

        新虎尾溪：麦寮乡、台西乡

        台东县

        高屏溪：高雄市林园区、屏东县新园乡

        南港溪

        万大溪

        南湖溪

        爱河：鼓山区、苓雅区

        安朔溪：达仁乡、大武乡

        后堀溪

        大石盘溪（石盘溪）：枋山乡

        清水大排水沟（米粉寮溪）：清水区

        鱼寮溪：大城乡

        后港溪：芳苑乡

        保力溪：车城乡

        乌溪：龙井区、彰化县伸港乡

        旭海溪：牡丹乡

        利嘉溪：台东市

        美溪

        三叠溪

        前镇河：前镇区

        二林溪：芳苑乡

        番雅沟：线西乡、鹿港镇

        龙溪：布袋镇

        宝来溪

        荖溪

        大湖口溪

        盐水溪：安南区、安平区

        狮子溪：枋山乡

        安良港大排（南势溪）：清水区

        菜寮溪

        员林大排：鹿港镇、福兴乡

        丹大溪

        七溪：七区

        旗山溪

        北港溪：口湖乡、嘉义县东石乡

        清水溪

        牛挑湾溪：口湖乡

        金崙溪：太麻里乡

        南兴溪：大武乡

        埤日溪：满州乡

        陈有兰溪

        浊水溪：彰化县大城乡、云林县麦寮乡

        隘寮溪

        乌溪：台中市龙井区、彰化县伸港乡

        拉布拉溪：太麻里乡

        汉宝溪：福兴乡、芳苑乡

        内寮溪：枋寮乡

        拉库音溪

        社口溪

        东港溪：新园乡、东港镇

        八掌溪：布袋镇、台南市北门区

        四重溪：车城乡

        塔瓦溪：牡丹乡、台东县达仁乡

        鹿耳门溪：安南区

        水里溪

        将军溪：北门区、将军区

        洋子溪（洋仔厝溪）：鹿港镇

        刣牛溪：恆春镇

        后劲溪：楠梓区

        朴子溪：东石乡

        旧虎尾溪：台西乡、四湖乡

        浊水溪：大城乡、云林县麦寮乡

        合欢溪

        林边溪：林边乡、佳冬乡

        浊口溪

        万丈深坑溪：满州乡

        眉溪

        卡社溪