过这次打草惊蛇的搜捕扰，捻军遂逐渐由小合并为大，练成劲旅。当时清政府正在对付天理教和其他更严重的民变，对抢军没有采取更一步的行动。

        到了五十年代，太平天国定都天京（江苏南京）捻军领袖张洛行以安徽省蒙城县雉河集（安徽涡阳）为据地，接受太平天国的封爵，分兵四，攻城略地。清政府把征讨太平天国的责任交给曾国藩的湖南兵团（湘军）用汉人打击汉人。而由满洲兵团对付捻军，他们认为捻军比较脆弱。

        一八六三年，张洛行被叛徒苗沛霖卖，擒献给清政府以残暴闻名的剿匪总司令僧格林沁。张洛行的侄儿张总愚继续作战，于两年后的一八六五年，即太平天国覆亡的次年，在曹州（山东菏泽）把僧格林沁击毙。清政府最后一张王牌输掉了，不得不再依靠汉人，命曾国藩跟另一位也是民兵，被称为“淮军”（以安徽省人为主）领袖的李鸿章，乘消灭太平天国的余威，负责对付捻军。

        一八六六年捻军被清军拦截，分为两支。张总愚亲率一支陕西省，称为西捻。另一领袖赖文光率领一支湖北省，称为东捻。一八六七年，东捻到扬州瓦窑铺（江苏江都）在清军云集覆没。明年（一八六八）西捻折回山东省，在在平县迷失路，陷黄河跟运河间的泥沼地带，也全军覆没。

        捻军战争历时五十五年，而最后十六年辗转华中各地血战。他们没有最的政治指导原则，也没有崇的理想，只盲目地攻击清军或被清军追逐，只能动，不能成功。

        在中国的中地区，即以甘肃兰州为中心的广大范围，跟太平军和捻军兴起的同时，则有伊斯兰教徒的叛变。

        中地区的伊斯兰教徒，跟西地区（新疆省）的伊斯兰教徒，最大的差异是，西的伊斯兰教徒大分是维吾尔人，他们几乎全保持固有的风俗和言语。中的伊斯兰教徒据说他们的祖先是阿拉伯人，于一千年前的八世纪唐王朝时，迁居中国，现在除了宗教信仰这一之外，其他都已彻底华化，但在相貌上仍显着阿拉伯血统，跟汉人比较起来，他们的鼻较，胡较多。

        中伊斯兰教徒的行动分布三个地区：一云南省一八五五年，云南回民领袖杜文秀在大理县（九世纪时南诏王国的国都）起兵。

        二陕西省一八六二年，

        陕西回民领袖任武，在渭南县起丘三甘肃省一八六二年的同时，甘肃回民领袖化龙，在金积堡（宁夏吴忠金积镇）起兵。

        云南省除了省城昆明外，其他县份几乎全都叛变。但伊斯兰教徒的分裂使他们转胜为败，也使那个当时汉人很少的地区免去像越南一样脱幅而去。到了一八七二年，清政府军攻陷大理城，历时十八年的混战结束。